C'est le petit frère d'Edward. Il a perdu son corps tout entier dans la transmutation qui devait ramener sa mère à la vie. Grâce à l'intervention de son frère, son âme est désormais liée à une armure. Il est très affecté par le fait qu'il ne puisse plus rien ressentir. De plus, résider dans une armure vide présente un risque car si la transmutation venait à être rejeté, son corps se transformerait en bombe. Même s'il n'est pas alchimiste d'état, il suit son frère dans tous ses déplacements et lui donne volontiers un coup de main. C'est un combattant hors pair et un bon alchimiste. D'abord incapable de transmuter sans cercle, il y parviendra ensuite après un événement particulier.
Alphonse apparaît comme une personne sensible et naïve.