C'est le petit frère d'Edward. Il a perdu son corps tout entier dans la transmutation qui devait ramener sa mère à la vie. Grâce à l'intervention de son frère, son âme est désormais liée à une armure. Il est très affecté par le fait qu'il ne puisse plus rien ressentir. De plus, résider dans une armure vide présente un risque car si la transmutation venait à être rejeté, son corps se transformerait en bombe. Même s'il n'est pas alchimiste d'état, il suit son frère dans tous ses déplacements et lui donne volontiers un coup de main. C'est un combattant hors pair et un bon alchimiste. D'abord incapable de transmuter sans cercle, il y parviendra ensuite après un événement particulier.
Alphonse apparaît comme une personne sensible et naïve.

Edward (Ed) est très tôt attirés par l'alchimie. Il déteste son père, Hohenheim qui a abandonné sa famille, parce qu'il le considère comme responsable de la mort de sa mère(Trisha) . Il essaiera d'ailleurs à 11 ans de la faire revivre grâce à une transmutation humaine (ce qui dans le domaine de l'alchimie est interdit). Malheureusement, celle-ci échoue. Ed y perdra sa jambe gauche, Al tout son corps. Pour sauver Al, Ed place l'âme de ce dernier dans une armure grace à un sceau fait avec son propre sang, mais doit sacrifie son bras droit pour rendre la chose possible. Depuis, les deux frères recherchent la pierre phylosophale, qui leur permettrait de retrouver leurs membres perdus qui, dans le cas d'Ed, ont toutefois pu être remplacés par des prothèses mécaniques réalisées par leur amie d'enfance: Winry . Pour pouvoir réaliser ses recherches correctement, Edward se voit forcé de passer le test d'alchimiste d'état et de devenir un des "chiens à la solde des militaires" tant détestés par son maitre Izumi Curtis. Il réussira ce test haut la main en sauvant un de ses concurent durant l'épreuve . Un autre élément important de la personnalité d'Ed est sa très petite taille qui le rend très susceptible et lui vaut de nombreuses mésaventures tout au long de ses aventures, de plus, il a la particularité d’être capable de pratiquer l’alchimie sans utiliser de cercle de transmutation, élément normalement nécessaire a toute opération alchimique, il lui suffit de joindre les mains (son maître en est aussi capable, ceci viens du fait qu’il ai vu « la vérité » dans « la porte » alors qu’il perdait son bras).